建物の床面積が、登記簿＞評価証明書の場合、
登録免許税の課税価格は、登記簿上増築したことが明らかな場合を除き、評価証明書記載の評価額そのままとなるのが原則ですが、その差異が大きい場合（京都管轄なら1割を超える場合？の噂があります。）、割戻し計算をして算出するようです。
たとえば、
登記床面積 60㎡
評価床面積 50㎡
評価額 50,000円
の場合、50,000円÷50㎡×60㎡＝60,000円です。
ただし、管轄法務局や担当登記官によっては、見解の相違が発生する可能性がありますので、参考程度に読んで下さい。
司法書士 山森貴幸