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賃貸部分は、原則、住宅ローン控除の対象にはなりません。
自宅部分と賃貸部分の床面積で按分して計算することになります。
自宅部分の割合が 2分の1 の場合は、住宅ローン残高の 2分の1 が控除対象となり、3分の2 の場合は、住宅ローン残高の 3分の2 が控除対象となります。

自宅部分の割合が 2分の1未満 であると、そもそも住宅ローン控除自体を受けることができません。

自宅部分の割合が 90%以上 の場合は、住宅ローン残高 全額 が控除対象となります。

租税特別措置法関係通達41-29
措置法令第26条第７項の規定は、その家屋又は当該家屋の敷地の用に供される土地等のうちにその者の居住の用以外の用に供される部分がある場合に適用されるのであるが、
41-27により計算したその者の居住の用に供される部分の床面積若しくは土地等の面積又は増改築等に要した費用の額がその家屋の床面積若しくは土地等の面積又は増改築等に要した費用の額のおおむね90パーセント以上に相当する面積又は金額であるときは、
同項の規定にかかわらず、その家屋の床面積若しくは土地等の面積又は増改築等に要した費用の額の全部がその者の居住の用に供する部分の床面積若しくは土地等の面積又は増改築等に要した費用の額に該当するものとして措置法第41条第1項又は第6項の規定を適用することができるものとする。

租税特別措置法施行令（住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除）
第26条　法第41条第1項に規定する住宅の用に供する家屋で政令で定めるものは、個人がその居住の用に供する次に掲げる家屋（その家屋の床面積の2分の1以上に相当する部分が専ら当該居住の用に供されるものに限る。）とし、その者がその居住の用に供する家屋を2以上有する場合には、これらの家屋のうち、その者が主としてその居住の用に供すると認められる1の家屋に限るものとする。
一　一棟の家屋で床面積が50平方メートル以上であるもの
二　一棟の家屋で、その構造上区分された数個の部分を独立して住居その他の用途に供することができるものにつきその各部分を区分所有する場合には、その者の区分所有する部分の床面積が50平方メートル以上であるもの
７　法第41条第1項の個人が新築をし、若しくは取得をした同項に規定する居住用家屋若しくは既存住宅又は同項に規定する増改築等をした家屋の当該増改築等に係る部分のうちにその者の居住の用以外の用に供する部分がある場合における同項の規定の適用については、次に定めるところによる。
一　当該居住用家屋又は既存住宅のうちにその者の居住の用以外の用に供する部分がある場合には、当該居住用家屋の新築若しくは取得又は当該既存住宅の取得に係る住宅借入金等の金額は、当該金額に、これらの家屋の第1項各号に規定する床面積のうちに当該居住の用に供する部分の床面積の占める割合を乗じて計算した金額とする。
二　当該土地等のうちにその者の居住の用以外の用に供する部分がある場合には、当該土地等の取得に係る住宅借入金等の金額は、当該金額に、当該土地等の面積のうちに当該居住の用に供する部分の土地等の面積の占める割合を乗じて計算した金額とする。
三　当該増改築等に係る部分のうちにその者の居住の用以外の用に供する部分がある場合には、当該増改築等に係る住宅借入金等の金額は、当該金額に、当該増改築等に要した費用の額のうちに当該居住の用に供する部分の当該増改築等に要した費用の額の占める割合を乗じて計算した金額とする。

cf. 第41条（（住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除））関係｜国税庁
cf. 居住の用に供する部分の敷地の面積｜国税庁

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司法書士　山森貴幸