建物滅失登記を申請できるのは、建物の所有者やその相続人です。
不動産登記法
（建物の滅失の登記の申請）
第５７条 建物が滅失したときは、表題部所有者又は所有権の登記名義人は、その滅失の日から１月以内に、当該建物の滅失の登記を申請しなければならない。
（一般承継人による申請）
第３０条 表題部所有者又は所有権の登記名義人が表示に関する登記の申請人となることができる場合において、当該表題部所有者又は登記名義人について相続その他の一般承継があったときは、相続人その他の一般承継人は、当該表示に関する登記を申請することができる。
したがって、自己の所有する土地上に、実際にはもう存在しない他人名義の建物登記が存在する場合でも、土地所有者は、その建物の滅失登記を申請することができません。
ただし、表示に関する登記については、登記官が職権で登記を行うことができると定められており、利害関係人として申出をすることによって、登記官の職権発動を促すことができます。
（職権による表示に関する登記）
第２８条 表示に関する登記は、登記官が、職権ですることができる。
（登記官による調査）
第２９条 登記官は、表示に関する登記について第１８条の規定により申請があった場合及び前条の規定により職権で登記しようとする場合において、必要があると認めるときは、当該不動産の表示に関する事項を調査することができる。
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京都市左京区 設立
司法書士 山森貴幸