管轄外本店移転登記と代表取締役変更登記を同時に申請することは可能ですが、その場合、旧本店所在地の法務局で代表取締役変更登記を同時に申請します。
印鑑届書については、たとえば、京都本局から大阪本局へ本店移転する場合、新管轄である大阪本局だけではなく、旧管轄である京都本局にも提出が必要です。
京都本局に提出する印鑑届書については、通常の代取変更なので、新代取個人の実印押印と印鑑証明書の添付が必要です。印鑑届書に記載する本店所在地は、私の場合、新本店所在地を記載しています。登記申請時点では、実体上本店移転は完了していますし、登記委任状にも新本店所在地を記載することになっているからです。ただし、旧本店所在地を記載したとしても何も言われないかもしれません。印鑑カードは引き継ぐにチェックをしておけばいいと思います。引き継いだところで、大阪本局で新しい印鑑カードが交付されれば（ちなみに、管轄外本店移転の場合、印鑑カードを引き継ぐことはできない。）、引き継いだ印鑑カードは失効するので意味は無いと思いますが。
大阪本局に提出する印鑑届書については、会社実印を送付するだけのものなので、代取個人の実印押印は不要（認印の押印でOK）、印鑑証明書の添付も不要です。
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プラスカフェ 相続
京都市左京区 設立
司法書士 山森貴幸