京都市発行の名寄帳には、公衆用道路などの非課税物件が記載されない取扱いになっています。
なので、京都市内の物件について相続登記漏れを防ぐにはどうすればよいか悩ましいところですが、権利書の物件欄を確認したり、金融機関の担保権の共同担保目録を確認するなどの方法が考えられますが、法務局の所有不動産記録証明制度を利用する方法が一番確実かと思われます。（手数料が少し高いですが。）
ちなみに、市税事務所に確認したところ、非課税物件でも課税台帳には載せているので、市税事務所で地番を伝えたら、本人確認をしてその地番の土地はあなた（又は被相続人）の所有です、と口頭では教えてくれるそうです。証明書の発行は不可とのこと。意味無いですね。
cf. 所有不動産記録証明制度とは
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プラスカフェ 相続
京都市左京区 設立
司法書士 山森貴幸